전국 4년제 대학의 17%(한국학술진흥재단 회원대학 기준)를 차지하고 있는 신학계열 대학들이 한국학술진흥재단의 연구비 지원에서는 일반대학 대비 0.3% 수준에 그치는 것으로 드러났다. 이에 대해 신학계에서는 급변하는 사회이슈를 신학적인 시각으로 분석하는 연구과제를 보편적이고도 객관적인 입장에서 수행해야 하고， 연구과제의 편수 자체를 확대하는 등 대책 마련이 시급하다는 지적이 나오고 있다.

학술진흥재단이 발표한 자료에 따르면 최근 5년간 신학계열 대학들이 재단에 제출한 과제는 1백26건이며， 지원액은 고작 41억원인 것으로 알려졌다. 반면 3만5천79건의 과제를 제출한 일반대학의 경우 1조3천4백12억원의 연구비가 지급됐다. 단순비교하는 것이 무의미할 정도로 큰 격차를 보이고 있는 실정이다.

물론 연구비 확보를 위해서는 신학대학 교수들의 보다 적극적인 연구활동이 필요하다는 게 중론이다. 이와 함께 교단 신학대학의 교수진들에게 연구주제의 자율성을 보장해야 한다는 의견이다. 지난 3월 21일 열린 전국신학대학협의회 총회에서 '학술진흥재단 2008년도 학술연구조성사업의 현황과 전망'을 주제로 학술진흥재단 우제창사무총장도 강연을 통해 이 부분을 강조했다. 우제창사무총장은 "그동안 신학계열 교수들이 지원과제수에서 일반대와 비교해 크게 부족하다보니 상대적으로 지원액이 적을 수밖에 없다"며， 연구과제 확대의 필요성을 언급했다. 일반적으로 인문사회 분야 과제지원의 경우 연구비 지급 비율이 대략 30% 수준인 것으로 알려졌다.

신학대의 연구 자율성 확보에 대한 현장의 목소리도 고조되고 있다. 한 교수는 "학문은 보편성을 담보해야 하는데 교단이 지향하는 신학과 관련된 연구는 평가를 받는 데 근본적으로 한계가 있다"면서， "신학을 통해 사회현상을 매우 객관적으로 짚어낼 수 있는 연구를 진행해야 하는데 이는 자율성이 담보되지 않고서는 사실상 불가능하다"고 고충을 토로했다.
　
대학차원의 지원도 요구되고 있다. 최근 연구지원처를 신설한 장신대는 과제선정과 제출， 행정업무 지원 등을 망라한 복합적인 연구 후원에 나섰다. 장신대 임성빈교수는 "재단의 기금을 받는 건 교수 한명의 노력으로는 불가능한 일인 만큼 대학 차원에서의 전폭적인 지원이 필요하다"고 밝혔다.
　
한편 학술진흥재단 연구비의 형평성 문제를 최초 제기한 정장복총장(한일장신대， 전 한국신학대학협의회 회장)은 "신학대학에 지급되는 학술진흥재단의 연구비가 턱없이 부족하다는 사실은 이미 알려진 일"이라면서， "최근 학술진행재단을 방문해 지원확대를 요청하고 긍정적인 답변을 들었다"고 밝혔다.