한국기독교장로회 총회(총회장:박원근)는 지난 4월25일 발표된 노무현대통령 특별담화와 관련해 논평을 발표하고 "일본 정부가 독도에 관한 권리를 주장하는 것은 잘못된 역사 인식에서 비롯한 것이며 '이러한 행위는 한일관계와 동아시아의 평화를 위협할 뿐'이라는 대통령의 지적은 합당하다"고 발표했다.

기장 총회는 성명에서 "일본 정부는 독도를 분쟁지역화 하고 역사 교과서를 왜곡하며 야스쿠니 신사를 참배하는 등 동아시아의 평화와 화해를 가로막는 일체의 행위를 즉각 중단해야 한다"면서 "일본 정부는 평화를 위협하는 일체의 행위를 즉각 중단하고 국제사회의 보편적인 가치와 기준에 맞는 방식으로 평화실현을 위한 국제사회의 노력에 동참해야 할 것"이라고 강조했다.