교회가 파송한 단기선교팀이 선교현장에서 무장세력에 납치되어 두 명의 젊은이가 살해당한 샘물교회 해외봉사단 아프가니스탄 피랍사건은 2007년을 가장 뜨겁게 달군 사건으로 기록된다. 이 사건으로 한국 교회에는 '건강한 선교'에 대한 공감대가 확산됐으며， 해외 선교에 대한 사회적 비난에도 불구하고 꾸준히 해외선교에 주력해 한국 교회의 선교 열정이 식지 않았음을 증명했다.

아프간 피랍사건은 국제적으로 '정부가 무장 세력과 협상했다'는 비난을 받게 만들었고 사회적으로 기독교에 대한 반감이 확산되는 결과를 낳았다. 샘물교회 교인들이 아프간에서 피랍됐다는 보도가 나온 직후 한국의 언론들은 일제히 '샘물교회 봉사단'으로 보도했다. 당시 한국 교회에는 단기선교가 관행적으로 행해지고 있었지만 이슬람 과격파 무장단체를 자극하지 않도록 해달라는 교회의 요청을 언론이 받아들인 것이다.

샘물교회의 이같은 요청에 언론은 협력했지만 두 명의 무고한 생명이 살해되고 한국 교회의 선교 방식은 도마에 올랐다. 기독교에 비협조적이던 몇몇 언론을 비롯해 개인 블로거들은 샘물교회의 아프간 입국을 "무모하고 일방적인 선교"라고 꼬집었다. 샘물교회 뿐만 아니라 지금까지 한국 교회가 수행해온 수많은 해외 봉사활동을 포함한 교회의 모든 선교활동을 '제국주의적 선교'로 평가절하하며 맹공을 쏟아부었다.

피랍자들이 40일만에 풀려난 뒤에도 한국 교회는 변명과 자기반성을 제대로 하지 못했다. 어떤 종류의 변명이나 혹독한 자기반성에도 기독교를 못마땅하게 생각하는 이들은 '기독교가 스스로를 보호하는데만 열중한다'는 비난을 멈추지 않았기 때문이다.

피랍사건 이후 한국 교회는 단기선교에 대한 분석을 시도했다. 한국기독교교회협의회를 비롯해 한국기독교총연합회와 각 선교단체들은 아프간 피랍사건에 대한 논평을 내고 한국 교회가 그동안 지향했던 파송중심 선교정책에 대한 자성의 목소리를 높이는 한편 '선교 위축'을 우려하고 소외된 국내외 이웃에 대한 그리스도의 사랑을 전하는 일을 게을리하지 말자고 역설했다.

아프간 피랍사건은 한국 교회의 물량주의 선교에 대한 자성과 함께 '효과적이고 안전이 확보된 해외 선교활동'에 대한 공동의 인식이 확립되는 계기가 됐다.

한국 교회의 파송 중심의 선교에 대한 반성이 시작된 직후 본교단 총회의 세계선교는 '파송선교사 1천명 시대'를 열었다. 제주에 이기풍선교사를 파송하면서 시작한 한국 교회의 해외선교가 1백주년을 맞이하면서 본교단 총회의 현재 파송 선교사 수가 1천 명을 돌파한 것. 총회 세계선교부는 선교사 1천명 시대를 계기로 기구개편에 대한 논의를 본격화했다.

세계선교부는 제92회 총회에서 세계선교회로 기구를 총회 안에서 독립적으로 운영할 수 있도록 결의를 이끌어내기 위해 노력했다. 현재 파송되어 있는 해외 선교사가 1천 명을 넘어설 정도로 규모가 성장했으니 그 관리 또한 규모에 맞아야 하며， 세계선교의 전문성을 제고하기 위해서는 선교회로의 독립기구화가 절실하다고 세계선교부는 강조했다.

세계선교부의 기구적 독립 문제는 제92회 총회를 거치면서 특별위원회가 설치돼 본격적인 연구가 시작됐다. 총회 산하 직영신학대학교 선교학 교수들이 전문위원으로 참여해 에큐메니칼 협력선교를 지향해온 본교단의 세계선교 정체성과 세계선교의 전통을 바탕으로 본교단의 세계선교가 전문성을 확보할 수 있는 방안이 다각도로 연구돼 2008년 9월에 개최되는 본교단 제93회 총회에 보고된다.

올해 본교단 총회는 도미니카공화국복음교회(2월) 가나장로교회(8월) 케냐 동아프리카장로교회(8월) 등 3개 해외 동역 교단과 선교협정을 체결， 에큐메니칼 협력관계를 강화했다. 또한 쓰나미로 부모를 잃은 어린이들을 치유할 태국 팡아사회봉사관이 준공됐으며， 캄보디아 프놈펜에는 기독교연합봉사관이 준공됐다.

이처럼 한국 교회는 아프간 피랍사건으로 인한 따가운 시선에도 불구하고 해외 교회와의 선교협정을 체결하고 봉사협력을 강화하는 등 교회의 역할을 묵묵히 다해온 것으로 평가된다.