이명박정부의 정부조직 개편안에 대해 교회와 목회자의 반대 성명이 이어지고 있다. 특히 국가인권위원회를 대통령 직속기구화 하는 방안에 대해서는 "국민적 저항에 부딛힐 것"는 경고도 나오고 있다.

한국 교회 인권운동에 헌신해온 목회자 2백여 명은 지난 1월 28일 '국가인권위원회의 독립성을 촉구하는 기독교 목회자 2백인' 일동 명의로 성명을 발표하고 이명박정부의 국가인권위원회 대통령 직속기구화에 반대입장을 표명했다. 이에 앞서 한국기독교교회협의회와 한국기독교장로회도 통일부 폐지와 국가인권위원회 대통령 직속기구화를 골자로 하는 정부조직 개편안에 대한 반대 입장을 표명한 바 있다.

'목회자 2백인'은 국가인권위원회에 대해 "정권이나 이념 정치 세력에 따라 위상을 옮길만한 성격이 아니기에 정권으로부터 자유로운 독립적 지위를 부여했던 것"이라고 설명하고 대통령 직속기구화 결정에 대해 "인권의 본질과인권문제의 특성을 무시한 몰상식한 인식을 드러낸 것"이라고 비난했다. 이들은 "교회적 전통과 신앙고백에 서서 향후 우리나라의 인권증진을 위해 국가인권위원회는 독립기구로 남아야 한다"고 주장했다.

이 자리에서 교회협 황필규국장은 "노무현정부도 커버하지 못한 인권사각지대가 이명박정부에서는 훨씬 더 심화될 수 있다는 것을 의미한다"면서 "이명박정부가 강행할 경우 국민적 저항에 부딛힐 것"이라고 강조했다.